Aux termes de l'article 3 de leur loi organique, « les chambres professionnelles sont autorisées à percevoir de leurs ressortissants une cotisation », ceci « pour faire face à leurs dépenses ». En tant que chambre professionnelle, autonome par essence, la Chambre des fonctionnaites et employés publics ne bénéficie d'aucun soutien financier étatique. La cotisation de ses ressortissants constitue dès lors sa seule source de financement.
Comme le prévoit le règlement grand-ducal du 13 mars 2009, la perception de la cotisation est opérée par l'employeur par voie de retenue sur les traitements, indemnités ou pensions. La loi dispose que cette retenue est à assimiler quant aux droits et obligations des parties en cause à la retenue d'impôt sur les traitements et salaires.
La Chambre fixe elle-même le montant de la cotisation; celle-ci s'élève actuellement à 35 euros par an.